Vor frelser kirke prydes af et af Københavns kendteste tårne, nemlig Laurids Lauridsen de Thurah’s snoede Spiralspir. Det var tilløb til at bygge selve kirken i flere omgange. Først blev der i 1617 udstykket et grundareal, til en kirke i den nyopførte købstad – derudover skete der ikke mere, men det så godt ud på papiret. I 1620 lagde man så et fundament til en Christianhavner-kirke, omend et andet sted end den udstykkede grund. Herefter skete der ikke meget de næste 20 år, men i 1639 opførte man en midlertidig kirke lidt syd for den nuværende. Denne skulle betjene menigheden, mens den faktiske kirke blev bygget. Efter nogle sager med byggesjusk (murene satte sig i det sumpede Christianshavn) åbnede kirken endelig i slutningen af 1641. Desværre viste det sig, at kirken faktisk var langt fra færdig.

Efter kirkens indvielse, gik det op for christianhavnerne, at deres midlertidige kirke skulle bruges lidt længere endnu, eftersom den nye stort set var en ubrugelig byggeplads. Christian 4, der var den oprindelige bygherre, gik hen og døde i 1648, hvorefter hans søn (Frederik 3)overtog projektet med en Christianhavner-kirke. I 1668 besluttede man at flytte den ufærdige kirke og fik en bunke stærke karle, til at slæbe stenene til Knippelsbro-området – mere skete der ikke.

I 1672 flyttede Christian 5 lidt rundt på byggematerialet, men nogen kirke blev det ikke til. Først i 1681 kom der skred i sagerne, efter Lambert van Haven forelagde et udkast til en kæmpe kirke, der egentlig var alt for stor til den lille købstad. Denne gang lykkedes det faktisk at bygge en kirke, selvom det tog 14 år. I 1696 kunne Christianhavnerne fraflytte deres midlertidige kirke, der efterhånden var temmelig forfalden, og flytte ind i Vor Frelser Kirke.

Spiret på tegningen ovenover, var der desværre ikke blevet råd til. I stedet havde Vor Frelser Kirke fået en sølle pyramideformet hætte, der ikke mindede meget om det planlagte barokspir. Først i starten af 1740erne lykkedes det Københavns magistrat, at vriste 500 rigsdaler fra Frederik 5, der nu var femte konge på projektet. Det oprindelige tårn, som van Haven havde designet, blev anset for gammeldags og der er næppe tvivl om, at Thurah ydede modstand mod at bygge andre arkitekters tårne. Derfor gik han direkte til kongen og foreslog et nyt moderne tårn. Kongen var ellevild og godkendte øjeblikkeligt projektet – magistraten derimod var godt mopset, for kongen gav ikke yderligere mønt til det langt dyrere tårn (28.000 rigsdaler, mod 15.000 for det gamle). Dengang sagde man ikke nej til konger, så tårnet endte med at blive opført.

Byggeriet startede i marts 1749 og allerede året efter satte man frelserfiguren på toppen. Arbejder med kobberbelægningen tog lidt længere, men i august 1752 var hele Vor Frelser Kirke endelig færdig. Der cirkulerer en sejlivet myte om at tårnets spiral snor sig den gale vej og at arkitekten begik selvmord ved at styrte sig i døden (fra tårnet naturligvis). Det er dog ikke andet end en gammel københavnerhistorie. Thurah døde af naturlige årsager syv år efter tårnets færdiggørelse. Spiralen snor sig altså den korrekte vej, selvom turistindustrien nok holder liv i myten mange år endnu.